一是当前我国农产品电子商务有一轰而起之势。农产品电子商务是一个发展趋势，但要按经营能力和地方发展条件循序渐进，不能一轰而上，避免重复建设造成浪费。

二是电子商务法律法规标准体系建设滞后。尽管我国现有法规对一些经济活动有相关规定，但互联网商业模式和经营方式不断创新，无论是B2B模式还是B2C模式，很多的经济活动难以用现有法规来规范，同时，网络违规行为往往具有迷惑性和隐蔽性，我国农产品电商的发展，亟待加快电子商务法规体系建设。

三是农产品电商支撑体系培育不足。近年来，我国物流、支付、安全认证、产品溯源等配套服务有所发展，但还跟不上电子商务的发展速度，尤其是物流配送的服务质量、网络安全和信息保护等需要进一步提升。农产品与工业品不同，是有生命的动物性与植物性产品，有季节性、易腐性、品种多，级差大、保鲜难等特点，在物流过程中对包装、装卸、运输、仓储有特定的要求，尤其是冷链物流能力不够，物流经营难度大、成本高。

四是网络零售促销活动频繁使销售成本上升。目前网店每年仅促销的广告投入就需要20-30万元，一般要占到产品交易额的5-10%。参加促销活动目的是增流量扩销量，基本是微利销售，甚至是亏本销售。主要是提升网店流量聚集人气，非常类似实体超市的促销活动。随着网店的增多，网络企业数量的增长，这种竞争会愈来愈剧烈。

五是农产品电子商务的诚信与信誉问题。上网销售的农产品都有一个品牌，但很难保证都是原品牌业主生产的，消费者分不清正牌销售与冒牌销售，农产品的口感、颜色、形状、大小等都不同，即便相同产品也有一定的差别，很难有具体的标准来管控，以次充好的现象时有发生，引起差评、投诉和纠纷。

六是农村电子商务人才缺乏。农产品电子商务不光有货真价实的产品，还要有营销手段，批发领域，需要为涉农会员和客户提供覆盖农产品生产、加工、销售、供应等各个环节，包括信息、交易、结算、物流等在内的全程电子商务服务。在B2C网络零售领域，网店美工、产品摄影、产品介绍、信息采集、在线客服、营销推广、行情分析、促销活动策划、在QQ、微博、微信、论坛传播产品信息等相关服务，都需要有计算机和网络知识以及实际操作技能，但当前此类人才供需矛盾突出。